Водно-болотные угодья Таджикистана также являются постоянным объектом внимания ученых. В Республике Таджикистан выявлено 15 водно-болотных угодий, 5 из них, озера Каракуль, Шоркуль, Рангул, Зоркуль, акватория заповедника «Тигровая балка» и Кайраккумское водохранилище включены в перечень Рамсарские угодья имеющие глобальго значения. Реки, озера и болота страны находятся под постоянным контролем Комитета по охране окружающей среды при Правительстве Республики Таджикистан.
Вопросы качества воды, состояния редкой флоры и фауны, стратегии устойчивого управления водными ресурсами, защиты и восстановления нарушенных экосистем обсуждаются на национальных и международных научных конференциях. В специальных изданиях Комитета регулярно публикуются инструкции и статьи по всем вопросам охраны, восстановления и рационального использования водно-болотных угодий.
РЭЦЦА реализует проект «Рамсарская региональная инициатива Центральной Азии» в сотрудничестве с Секретариатом Рамсарской конвенции при финансовой поддержке Германского общества по международному сотрудничеству (GIZ).